Ry Mølles etablering skal sandsynligvis ses i sammenhæng med klostrene ved Gudenåen og de rettigheder munkene havde over vandvejene. De første skriftlige vidnesbyrd om møllen optræder i 1500-tallet.
Ca. 2 km syd for Ry Mølle er der fundet rester af et dæmnings- og broanlæg. Dette overgangssted blev oversvømmet ved etablering af opstemningen ved Ry Mølle. Ved Ry Mølle danner Gudenåen skel mellem Rye sogn mod vest og det gamle Siim ejerlav mod øst. Ved reformationen i 1536 overtog kongen klostergodset. I klostrets jordebog fra midten af 1500-tallet nævnes Siimgårds Mølle, hvilket tyder på, at møllen i klosterperioden lå på den østre side af Gudenåen i ejerlavet Siim.

Navnet Ry Mølle optræder første gang i 1578, hvor det også nævnes, at kongen tager ålekisterne i brug. Siden optræder mange skriftlige efterretninger om Ry Mølle, ålekisterne og broerne. Efterretningerne handler især om pligten for egnens bønder til at anvende møllen, møllerens pligt til at istandsætte broerne, og møllerens rettigheder til fiskeriet i de tilstødende søer og ålekister.

I 1718 inddrages Ry Mølle under Det Skanderborgske Rytterdistrikt. Ved rytterauktionen i 1767 afhændes kronens gods i Det Skanderborgske Rytterdistrikt til private opkøbere. Det fremgår af domsafsigelsen i 1773, at rettigheden til fiskeriet fulgte afhændelsen af Ry Mølle, „da ålefangsten fra Arilds tid har tilhørt møllen for istandsættelse af broerne“.

I 1881 nedlægges melmøllen, og der indrettes træsliberi, hvor der blev fremstillet råvarer til papirproduktion. Møllens vandkraft har fra 1915 også været benyttet til elproduktion. I 1917 dannes aktieselskabet Ry Mølles Fabrikker med det formål at forpagte og drive det under Ry Mølle hørende landbrug, ålefiskeri, andet fiskeri, træskofabrikation og elektricitetsværk samt anlæg af savværk og imprægneringsanstalt på mølletoften på Siimsiden af Gudenåen.

I 1933 nedlægges træsliberiet og Webmore Herre Konfektion indrettes i den gamle mølle, som siden 1936 og frem til oktober 1994 har været drevet som konfektionsfabrik. Resten af områdets bygninger, herunder Ry Mølles hovedbygning samt den gamle hovedbygning blev indrettet til boliger i 1997.